Akademi Pengajian Islam, Universiti Malaya seperti yang ada pada hari ini merupakan gabungan antara Jabatan Pengajian Islam dan Akademi Islam. Pada mulanya, kedua-dua institusi ini merupakan dua buah institusi yang berasingan dan mempunyai sejarah serta tradisi keilmuan Islam yang panjang sejak 1959 dengan penubuhan Kolej Islam Malaya dan diikuti dengan penubuhan Yayasan Pengajian Tinggi Islam Kelantan (YPTIK) pada 1965.
Jabatan Pengajian Islam ditubuhkan pada tahun 1959, hasil daripada gabungan yang formal antara Kolej Islam Malaya pada waktu itu dan Universiti Malaya. Sejak itu, Majlis Kolej Islam berfungsi sebagai Penguasa Eksekutif kepada Jabatan berkenaan, manakala Senat Universiti Malaya pula mengawasi segala yang berhubung dengan hal-hal akademik. Apabila Kolej Islam Malaya dibubarkan pada tahun 1970, Jabatan Pengajian Islam telah diletakkan di bawah bidang kuasa Majlis dan Senat Universiti Malaya. Selama tempoh tersebut, sehingga ia bergabung dengan Akademi Pengajian Islam pada bulan April 1996. Jabatan ini merupakan sebuah Jabatan di bawah Fakulti Sastera dan Sains Sosial, Universiti Malaya. Akademi Islam pula ditubuhkan pada tahun 1981 hasil pengambilalihan Yayasan Pengajian Tinggi Islam Kelantan (YPTIK), yang telah ditubuhkan sejak 1965. Penubuhannya dirasmikan pada tahun 1 April 1981 oleh Datuk Musa Hitam, Menteri Pelajaran Malaysia pada ketika itu. Dua Fakulti ditubuhkan iaitu Fakulti Syariah dan Fakulti Usuluddin, satu program ijazah iaitu prigram Sarjana Muda Pendidikan Islam dan satu program matrikulasi iaitu Pra Akademi Islam.
Pada tahun 1996, Akademi Pengajian Islam terus berkembang dengan penubuhan 9 buah Jabatan dan salah satunya adalah Jabatan Akidah dan Pemikiran Islam. Jabatan ini menawarkan Ijazah Sarjana Muda Usuluddin (Akidah dan Pemikiran Islam) dan Ijazah Sarjana Usuluddin (Akidah dan Pemikiran Islam) serta Ijazah Doktor Falsafah (PhD). Jabatan ini juga pernah menawarkan Ijazah Sarjana Muda Usuluddin (Alam Hayat) dan Ijazah Sarjana Muda Usuluddin (fizik) dari tahun 2002/2003 hngga 2006/2007 yang dibuat secara usaha sama antara Akademi Pengajian Islam dengan Fakulti Sains, Universiti Malaya.